Arisanti, Tiffani Nindya (2011) Identifikasi genetik True Shallot Seed (TSS) beberapa varietas lokal bawang merah (Allium ascalonicum Linn) berdasarkan penanda mikrosatelit (SSR). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Bawang merah ialah salah satu tanaman hortikultura yang sangat penting di Indonesia dan termasuk salah satu komoditas sayuran unggulan. Salah satu upaya peningkatan produksi tanaman ialah dengan menggunakan True shallot seed (TSS). Benih TSS yang baik akan menghasilkan umbi dengan produktivitas tinggi dan kualitas yang seragam, sehingga perlu dilakukan identifikasi pada TSS untuk mengetahui keseragamannya. Identifikasi tanaman dapat dilakukan dengan melakukan pengamatan karakter morfologi tanaman atau dengan menggunakan penanda genetik. Karakterisasi dengan penanda molekuler memberikan hasil yang lebih akurat.Salah satu penanda molekuler yang dapat digunakan ialah teknik mikrosatelit atau Simple Sequence Repeat (SSR). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat keseragaman True Shallot Seed (TSS) beberapa varietas lokal bawang merah berdasarkan penanda Simple Sequence Repeat (SSR). Hipotesis yang diajukan yaitu diduga terdapat tingkat keseragaman yang tinggi pada True Shallot Seed (TSS) beberapa varietas lokal bawang merah berdasarkan penanda Simple Sequence Repeat (SSR). Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Jurusan Budidaya Pertanian, Fakultas Pertanian, Universitas Brawijaya pada bulan Desember 2010 hingga Juli 2011. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini ialah mortar, pestle, tip, gelas ukur, tabung eppendorf, tissue, gunting, plastik pembungkus, mikropipet, spatula, erlenmeyer, microwave, mesin PCR, oven, mesin vortex, timbangan analitik, stirer, pH meter, mesin elektroforesis, mesin centrifuge, autoclave, mesin UV transluminator dan lemari es. Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini ialah True Shallot Seed hasil selfing 4 varietas local bawang merah, yaitu varietas Ampenan (A), Super Philip (B), Bali Kuning (C) dan Bali Ijo (D)yang ditanam dan diambil daunnya yang tidak terlalu tua dan sehat (ujung daun tidak menguning), Buffer ekstraksi CTAB (NaCl, Tris HCl pH 8.0, EDTA dan Merkaptoethanol), nitrogen cair, PVP, CHISAM (Chloroform, Isoamilalkohol), buffer pencuci, buffer TE, RNAse, ethanol, isopropanol, DNA ladder, agarosa, buffer elektroforesis (TAE/TBE), loading dye, ethidium bromida, "PROMEGA " PCR reaction kit dan primer SSR. Pelaksanaan penelitian meliputi Isolasi DNA, pengujian kualitas DNA, Optimasi Primer, Proses PCR, elektroforesis dan visualisasi hasil PCR, dan interpretasi data. Data diperoleh dari pemotretan gel hasil SSR berupa pita-pita DNA dengan ukuran tertentu dari masing-masing sample yang diuji. Analisis data didasarkan pada ada atau tidaknya pita. Profil pita DNA diterjemahkan ke dalam data biner dengan ketentuan nilai 0 untuk tidak ada pita dan 1 untuk adanya pita pada posisi yang sama dari individu-individu yang dibandingkan. Dari data tersebut, digunakan sebagai perbandingan antara tanaman masing-masing populasi tanaman dengan menggunakan program NTSys 2.0i. Berdasarkan hasil optimasi primer, primer kombinasi yang digunakan adalah primer kombinasi 4 (P2 dan P3) dan primer kombinasi 6 (P3 dan P4). Pita teramplifikasi pada 100 bp, 300bp, 400bp dan 800bp dimana sebagian besar tampilan pita yang monomorfik terdapat pada larik 100bp. Nilai kemiripan tertinggi pada seluruh TSS ialah 1,00, nilai kemiripan terendah pada 3 TSS (TSS D, TSS B dan TSS A) ialah 0,50 sedang pada TSS C nilai kemiripan terendahnya 0,33. Tingkat keseragaman TSS tertinggi dimiliki oleh TSS D (Bali Ijo), kemudian diikuti oleh TSS B (Super Philip), TSS A (Ampenan) dan TSS C (Bali kuning).
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2011/180/051103796 |
| Subjects: | 600 Technology (Applied sciences) > 631 Specific techniques; apparatus, equipment materials > 631.5 Cultivation and harvesting |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Budidaya Pertanian |
| Depositing User: | Endang Susworini |
| Date Deposited: | 19 Mar 2012 12:43 |
| Last Modified: | 19 Apr 2022 07:14 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/128687 |
Preview |
Text
051103796.pdf Download (6MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |