Deteksi genuine intergeneric hybrid pada populasi hasil persilangan antar genus tebu varietas PS 862 (Saccharum spp. hybrid) dengan Erianthus arundinaceus klon IJ76-375 menggunakan spacer 5S rRNA

Paramithasari, Sindy (2011) Deteksi genuine intergeneric hybrid pada populasi hasil persilangan antar genus tebu varietas PS 862 (Saccharum spp. hybrid) dengan Erianthus arundinaceus klon IJ76-375 menggunakan spacer 5S rRNA. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Tanaman Tebu (Saccharum officinarum) ialah komoditi perkebunan yang dapat dikembangkan secara luas di Indonesia. Tindakan yang dapat diupayakan untuk pengembangan tanaman tebu ialah dengan penyediaan varietas unggul yang dapat diperoleh dari program pemuliaan. Persilangan merupakan cara yang paling populer untuk meningkatkan variasi genetik karena murah, efektif, dan relatif mudah dilakukan. Persilangan antar genus tebu bertujuan untuk mengintroduksi gen dari Erianthus arundinaceus sp kepada tanaman Tebu (Saccharum spp. hybrid). Erianthus arundinaceus merupakan spesies yang sangat potensial sebagai penyumbang gen karena memiliki sifat vigor, daya tumbuh ditingkat keprasan yang baik, toleran terhadap cekaman lingkungan seperti kekeringan maupun genangan, dan tahan terhadap beberapa penyakit (Piperidis et al., 2000). Keturunan hasil persilangan dapat dideteksi melalui teknologi molekuler. Oleh karena tebu adalah tanaman menyerbuk silang, maka peluang untuk terkontaminasi dengan polen dari species atau klon lain besar. Deteksi menggunakan penanda molekuler dapat menghemat waktu, tenaga dan biaya karena dapat memberikan hasil yang lebih cepat sebab tidak terpengaruh umur tanaman, efektif dan akurat bila dibandingkan dengan ciri-ciri morfologi (Santoso et al., 2006). Pada penelitian D’Hont et al. (1998) dan Piperidis et al. (2000), spacer 5S rRNA dapat digunakan untuk mendeteksi keturunan hasil persilangan antar genus tebu (Saccharum spp.) dengan Erianthus arundinaceus. Penanda molekuler ini memiliki akurasi yang tinggi sebagai alat seleksi genuine intergeneric hybrid hasil persilangan antar genus.Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi genuine intergeneric hybrid di tahap semai pada populasi hasil persilangan tebu varietas PS 862 (Saccharum spp. hybrid) dengan Erianthus arundinaceus klon IJ76-375 menggunakan spacer 5S rRNA. Penelitian ini dilaksanakan Di Laboratorium Biologi Molekuler Bioteknologi Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia (P3GI), Pasuruan. Penelitian dimulai bulan Juli 2009 sampai April 2010. Alat- alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : mortar, pestle, pipet, mikropipet, gelas ukur, kain kasa, tabung mikro 250 μl, tabung mikro 500 μl, tabung mikro 1000 μl, tabung mikro 2000 μl, pengering vakum, mesin spektrofotometer, mesin PCR, ultrasonic cleanser, oven konikel, vortex, timbangan analitik, stirrer, pH meter, microwave, mesin elektroforesis, water bath, mesin centrifuge, autoclave, masker dan handgloves. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini ialah 18 sampel tanaman tebu yang terdiri dari tetua jantan iii Erianthus sp klon IJ76-375, tetua betina Tebu varietas PS 862 (Saccharum hybrid) dan, F1 hasil persilangan kedua tetua tersebut. Selain itu juga digunakan beberapa bahan kimia antara lain : Manitol, buffer ekstraksi (NaCl, Tris HCL pH 7,5, EDTA), CTAB, Natrium Bisulfite, Nitrogen Cair, Chloroform, Isoamilalkohol, etanol dingin 95 % dan 70 %, etanol absolute, larutan TE steril, NaOAc, agarose, RNAse, Etidium Bromide, dH2O, Buffer PCR, MgCl2, dNTP mix, Primer (forward and reverse), Taq polymerase, Nuclease free water, asam asetat, aquabides steril, TAE, larutan pencuci 1 (WASH1), larutan pencuci 2 (WASH2) dan sepasang primer spacer 5S rRNA. Metode yang digunakan terdiri dari 10 tahap. Tahap pertama ialah persilangan, yang dilakukan dengan dua teknik yaitu teknik jawa dan teknik cangkokan. Selanjutnya setelah 4 minggu dilakukan panen dan sebar biji. Tahap ketiga ialah perkecambahan biji. Setelah tanaman berumur 6 minggu tanaman dipindahkan ke polibag.Tahap kelima dilakukan pengambilan sampel daun pada saat tanaman berumur ± 3 bulan. Tahap selanjutnya dilakukan isolasi DNA dengan menggunakan metode CIMMYT Laboratorium (Modifikasi 2) mengikuti prosedur Saghai-Maroof, et al., (1984). Kemudian dilakukan uji kualitas dan uji kuantitas DNA dengan elektroforesis 0,8 % gel agarosa dan metode spektrometri.Tahap kesembilan ialah mendeteksi genuine intergeneric hybrid di tahap semai pada populasi hasil persilangan menggunakan spacer 5S rRNA. Setelah itu visualisasi hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis 1,5 % gel agarosa. Hasil amplifikasi pita DNA dibandingkan antara pola pita DNA keturunan hasil persilangan dengan kedua tetuanya. Pola pita genuine intergeneric hybrid yaitu apabila pola pita keturunan hasil persilangan tersebut mempunyai kedua pita spacer 5S rRNA dari tetua jantan dan tetua betina. Visualisasi PCR menggunakan alat Gel Dox XR merk Biorad menunjukkan bahwa pada persilangan dengan teknik jawa, dari 7 biji yang tumbuh terdapat 5 individu yang termasuk genuine intergeneric hybrid. Sedangkan untuk persilangan dengan teknik cangkokan, dari 9 biji yang tumbuh semua individu termasuk genuine intergeneric hybrid. Hal ini ditunjukkan dengan adanya 2 pita spacer 5S rRNA dari tetua jantan dan tetua betina. Tetua jantan Erianthus arundinaceus klon IJ76-375 berada pada ukuran 280 bp sedangkan tetua betina tebu varietas PS 862 berada pada ukuran 420 bp. Ditemukan pula 2 individu yang hanya memiliki pita spacer 5S rRNA dari tetua betina, 2 individu ini diduga merupakan hasil selfing. Berdasarkan penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa persilangan dengan teknik Cangkokan lebih baik daripada teknik Jawa karena memiliki persentase perkecambahan yang lebih tinggi. Selain itu berdasarkan keberadaan pita 5s rRNA spacer genuine intergeneric hybrid yang dihasilkan dari persilangan dengan teknik Cangkokan juga lebih tinggi. Oleh karena itu disarankan persilangan dengan teknik Cangkokan lebih dianjurkan dan perlu dilakukan pengujian lebih lanjut terhadap genuine intergeneric hybrid yang diperoleh dengan parameter yang lain yaitu komponen produksi.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	SKR/FP/2010/202/051002875
Subjects:	300 Social sciences > 338 Production > 338.1 Agriculture
Divisions:	Fakultas Pertanian > Agribisnis
Depositing User:	Unnamed user with email heriprayitno@ub.ac.id
Date Deposited:	03 Jan 2011 08:46
Last Modified:	14 Apr 2022 02:21
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/128437

	Text 051002875.pdf Download (4MB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_lightbox) lightbox.jpg Download (32kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_preview) preview.jpg Download (13kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_medium) medium.jpg Download (3kB)
	Other (Thumbnails conversion from text to thumbnail_small) small.jpg Download (1kB)

Actions (login required)

View Item