Novianto, Eko Nanang (2009) Studi Keragaman Genetik dan Hubungan Kekerabatan Tetua Persilangan Tebu (Saccharum sp.) Berdasarkan Penanda Molekuler Mikrosatelit. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Evaluasi keragaman genetik plasma nutfah tebu, selama ini masih bersandar pada penanda morfologi yang beberapa diantaranya sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Pendekatan bioteknologi penanda DNA SSRs (Simple Sequence Repeats) atau biasa dikenal dengan mikrosatelit, dapat dijadikan sebagai solusi alternatif karena penanda ini tidak dipengaruhi oleh lingkungan dan umur tanaman, sehingga penanda ini mampu untuk meningkatkan efisiensi pada tahap awal seleksi sehingga dapat memperpendek waktu yang diperlukan untuk program pemuliaan tanaman tebu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan dan keragaman genetik dari 22 tetua persilangan tebu berdasarkan penanda molekuler mikrosatelit. Hipotesis yang diajukan adalah diduga terdapat keragaman yang tinggi pada populasi tetua persilangan tebu yang diamati berdasarkan penanda mikrosatelit. Penelitian ini dilaksanakan di kebun koleksi dan laboratorium pemuliaan tanaman P3GI (Pusat Penelitian dan Perkebunan Gula Indonesia) Pasuruan, Jawa Timur selama bulan September sampai dengan Desember 2007. Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain mortar, pestle, pipet, gelas ukur, labu ukur, mikropipet, kain saring, tabung eppendorf, pengering vakum, mesin spektrofotometer, mesin PCR, branson, oven, tip, konikel, vortex, timbangan analitik, stirrer, pH meter, microwave, mesin elektrofotometer, waterbath, mesin centrifuge, autoclave. 22 klon dari P3GI (Pusat Penelitian dan Perkebunan Gula Indonesia) Pasuruan dengan mengambil daun yang masih menggulung. Selain itu juga digunakan bahan-bahan kimia diantaranya Buffer ekstraksi (NaCl, Tris HCl pH 8.0, EDTA), natrium bisulfit, meracptoethanol, Nitrogen cair, Cloroform, Isoamylalcohol, etanol dingin 95% dan 70%, etanol absolute, larutan TE steril, NaOAc, HCl, gel agarose, RNAse, Ethidium Bromida, ddH2O, PCR, MgCl2, dNTP mix, Primer (forward dan reverse), Taq polymerase, nuclease free water, Asam asetat, Aquabides steril, TAE, Wash 1, Wash 2, 100 bp DNA ladder dan 1 kbp DNA ladder. Tahapan yang akan dilakukan pada pengamatan molekuler adalah Ekstraksi DNA, Uji Kualitas DNA (Elektroforesis) dan Uji Kuantitas DNA (Spektrofotometri), Skrining Primer, Amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR , Elektroforesis dan Visualisasi hasil PCR. Hasil Analisis kesamaan genetik Jaccard berdasarkan penanda molekuler mikrosatelit didapatkan bahwa dua puluh dua klon tebu tetua persilangan koleksi P3GI mempunyai keragaman genetik yang tinggi.Hasil dendogram yang diperoleh dari enam primer mikrosatelit gabungan menggunakan kesamaan genetik Jaccard menunjukkan bahwa dua puluh dua klon tetua persilangan koleksi P3GI dikelompokkan dalam dua kelompok besar pada tingkat kesamaan genetik 0,12(12%). Berdasarkan hubungan kekerabatan yang ditunjukkan oleh dendogram, klon-klon tebu sebagian besar mengelompok berdasarkan daerah asalnya. Kelompok pertama terdiri dari klon-klon tebu introduksi dari Amerika serikat, Taiwan, Argentina, klon hasil ekspedisi dari Pulau Jawa dan Sulawesi dan beberapa klon tebu hasil persilangan yang telah dilakukan oleh P3GI, yakni klon PS57, BU772 hasil persilangan tahun 1980 dan BV320 hasil persilangan tahun 1981. Sedangkan kelompok kedua terdiri dari klon-klon introduksi asal Australia Dari tabel hubungan kekerabatan antar klon, diketahui bahwa sebagian besar klon yang diuji berkerabat jauh, dengan nilai kesamaan genetik kurang dari 40% Namun ada pula klon-klon yang berkerabat dekat dengan nilai kesamaan genetik lebih dari 50 %. Dan untuk persilangan selanjutnya, hendaknya dipilih tetua yang berkerabat jauh dengan tingkat kesamaan genetik dibawah 0,6 misalnya TRITON dengan NA56-30, VESTA dengan TUC72-24, TRITON dengan TUC72-24, dll. Karena untuk mendapatkan tanaman yang unggul, diperlukan keragaman yang tinggi pada populasi tetua untuk memperoleh efek heterosis.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2009/304/050903600 |
| Subjects: | 300 Social sciences > 338 Production > 338.1 Agriculture |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Agribisnis |
| Depositing User: | Unnamed user with email repository.ub@ub.ac.id |
| Date Deposited: | 28 Dec 2009 09:37 |
| Last Modified: | 12 Apr 2022 07:50 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/128306 |
Preview |
Text
050903600.pdf Download (5MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |