Azizah, Ulfa Devi Latifatul (2018) Analisis Kekerabatan Plasma Nutfah Tanaman Stroberi (Fragaria Sp) Berdasarkan Karakter Morfologi Dan Random Amplified Polymorphic Dna (Rapd). Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Stroberi (Fragaria sp) merupakan tanaman buah subtropis yang mengandung banyak komponen penting bagi kesehatan yang meliputi vitamin, mineral, serat, dan sumber antioksidan. Kondisi lingkungan yang kurang memenuhi syarat tumbuh tanaman stroberi menyebabkan hasil buah stroberi secara kuantitas dan kualitas tidak maksimal. Indonesia memiliki iklim tropis, sehingga produksi stroberi hanya terbatas pada daerah dataran tinggi. Oleh sebab itu, banyak muncul karakter atau sifat-sifat baru stroberi dan lebih beragam. Keragaman tanaman stroberi dipengaruhi oleh lingkungan dan genetik. Karakter tanaman stroberi dapat diamati berdasarkan morfologi dan molekuler. Pengamatan fenotip berdasarkan karakter morfologi memiliki kelemahan yaitu terdapat pengaruh lingkungan. Untuk menghindari adanya pengaruh lingkungan maka dapat digunakan penanda molekuler. Penanda molekuler yang banyak digunakan dalam analisis keragaman genetik tanaman adalah RAPD. RAPD memiliki kelebihan yaitu dapat menghasilkan polimorfisme yang cukup tinggi, sehingga dapat menunjukkan ada atau tidaknya variasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan dan perbedaan hubungan kekerabatan plasma nutfah tanaman stroberi berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler RAPD. Hipotesis yang digunakan adalah perbedaan hubungan kekerabatan plasma nutfah tanaman stroberi berdasarkan morfologi dan penanda molekuler RAPD berdasarkan koefisien kemiripan. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika (BALITJESTRO) Jalan Raya Tlekung No.1, Kecamatan Junrejo Kota Batu Jawa Timur pada bulan Januari-April 2018. Bahan yang digunakan dalam penelitian adalah 15 varietas tanaman stroberi induk umur 2 tahun yang meliputi California, S.Warna-warni, Salsa, Aerut, Tristar, Moehyang (Korea), SC Pujon, Hachiko, Brastagi, Rosalinda, Sweet Charlie, Earlybrite, Holland, Stroberi Hitam, dan Chandler, Plant Genomic DNA Kit, PCR Kit, gel agarose, etidium bromide (EtBr) dan primer. Alat yang digunakan meliputi gunting, plastik klip, timbangan analitik, mortar dan pistil, mikropipet, gelas ukur, centrifuge, tube, freezer, mesin PCR, tube PCR, mesin elektroforesis, gel doc, penggaris, gunting, kamera, buku deskriptor UPOV. Karakter morfologi yang diamati meliputi 7 karakter kuantitatif dan 36 karakter kualitatif. Pengamatan molekuler dilakukan dengan mengamati jumlah band (pita) yang terbentuk dan jumlah band yang polimorfik dengan penanda RAPD. Setiap band yang polimorfik dengan marker, diberikan skor 1 dan jika tidak terbentuk polimorfik diberikan skor 0. Data morfologi dan molekuler dianalisis menggunakan aplikasi MVSP 3.2 dengan metode UPGMA dan nilai koefisien kemiripan (Gower Similarity Coefficient). Hasil analisis pengamatan morfologi dan molekuler disajikan dalam bentuk Dendrogram. iii Hasil analisis kekerabatan menunjukkan bahwa varietas stroberi yang memiliki hubungan kekerabatan paling dekat berdasarkan karakter morfologi adalah varietas Hachiko dan Brastagi dengan nilai koefisien kemiripan sebesar 0,84. Sedangkan berdasarkan penanda molekuler, varietas stroberi yang memiliki hubungan kekerabatan paling dekat adalah varietas S.Warna-warni dan Rosalinda dengan nilai koefisien kemiripan sebesar 0,97. Namun keduanya memiliki persamaan, yaitu varietas yang memiliki hubungan kekerabatan paling jauh adalah varietas Stroberi Hitam. Pada analisis berdasarkan karakter morfologi, varietas Stroberi Hitam memiliki hubungan kekerabatan dengan 14 aksesi lainnya sebesar 0,51. Sedangkan berdasarkan penanda RAPD sebesar 0,86. Berdasarkan hasil dendogram yang terbentuk pada analisis morfologi dan analisis molekuler didapatkan ketidakselarasan nilai koefisien kemiripan. Sehingga pada kedua dendogram tersebut 15 varietas tanaman stroberi yang diamati memiliki perbedaan hubungan kekerabatan.
English Abstract
Strawberry (Fragaria sp) is a subtropical fruit crop that contains many important components of health which contains vitamins, minerals, fiber and antioxidants. Environmental conditions that do not meet the requirements of growing strawberry plants mean that the results of strawberry fruits are not optimal in quantity and quality. Indonesia has a tropical climate, so the production of strawberries is limited to the highland regions. Therefore, many new characters or characteristics of strawberries appear and are more variety. The variety of strawberry plants is influenced by the environment and genetics. The character of strawberry plants can be observe based on morphology and molecular. Phenotypic observations based on morphology characteristics have weaknesses, which is environmental influences. To avoid environmental influences, molecular markers can be use. The molecular marker is widely used in the analysis of plant genetic diversity is RAPD. RAPD has advantages that it can produce a sufficiently high polymorphism that can indicate the presence or absence of variety. The aim of this research is to determine the differences of genetic relationship on strawberry plants germplasm based on morphological features and RAPD molecular markers. Hypothesis is the difference genetic relationship of strawberry germplasm based on morphological and molecular markers RAPD-based similarity coefficients. This research conducted at the Plant Breeding Laboratory of Balai Tanaman Jeruk dan Buah Sub Tropika (Balitjestro) Tlekung 1, Junrejo district, Batu City in East Java from January to April 2018. The materials in this research, 15 varieties of strawberry plants are parents 2 years old, there are California, S.Warna-warni, Salsa, Aerut, Tristar, Moehyang (Korea), SC Pujon, Hachiko, Berastagi, Rosalinda, Sweet Charlie, Earlybrite, Holland S. Hitam and Chandler, Plant Genomic DNA Kit, PCR Kit, Agarose Gel, Ethidium Bromide (EtBr), and Primers. The tools in this research include scissors, plastic clips, analytical scale, mortar and pestle, micropipette, beakers, centrifuges, tube, freezer, PCR machines, tube PCR, electrophoresis machines, gel doc, ruler, scissors, cameras, UPOV descriptors. Morphology observation include 7 quantitative and 36 qualitative characters. Molecular observation by observe the number of bands formed and the number of polymorphic bands with RAPD markers. Each band which polymorphic, given score of 1, and if not polymorphic given score of 0. The polymorphic form of morphology and molecular data analyzed using 3.2 MVSP application with UPGMA method and the value of the similarity coefficient (Coefficient Gower Similarity). Morphology and molecular observation analysis results are present in the form of a dendrogram. The results of the genetic relationship analysis show that the strawberry varieties based on morphology character were Hachiko and Brastagi with a similarity coefficient of 0.84. The strawberry varieties based on molecular v markers are the S. Warna-warni and Rosalinda varieties with the similarity coefficients of 0,97. Both of them have similarities, that is the varieties with the largest relationship are S. Hitam varieties. In the morphology analysis, S. Hitam varieties have a relationship with 14 other varieties with the value 0,51. While based on the RAPD markers is 0,86. Based on the results of the dendogram formed in the morphology analysis and the molecular analysis, there is a mismatch of the similarity coefficients. It was thus observed on the two dendrograms that 15 varieties of strawberry plants had different relationships.
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | SKR/FP/2018/763/051810490 |
| Uncontrolled Keywords: | Stroberi, Morfologi, Random Amplified Polymorphic Dna (Rapd) |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 583 Magnoliopsida (Dicotyledons) > 583.7 Rosidae > 583.73 Rosales |
| Divisions: | Fakultas Pertanian > Agroekoteknologi |
| Depositing User: | Nur Cholis |
| Date Deposited: | 11 Oct 2018 02:21 |
| Last Modified: | 20 Oct 2021 09:07 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/12613 |
Preview |
Text
ULFA DEVI LATIFATUL AZIZAH.pdf Download (4MB) | Preview |
Actions (login required)
 |
View Item |