Uji Insilico Alpha Amylase, Earthworm Fibrinolytic Enzyme, Lysenin, Lumbricin Dan Lumbrokinase Dari Cairan Coelomic Cacing Tanah (Lumbricus rubellus) Terhadap RUNX3 Sebagai Target Terapi Aml Leukimia

Widijanto, Alyssa Amiraputri and Agustina Tri Endharti, S.Si., Ph.D. and Edwin Widodo, S.Si., M.Sc., Ph.D. (2022) Uji Insilico Alpha Amylase, Earthworm Fibrinolytic Enzyme, Lysenin, Lumbricin Dan Lumbrokinase Dari Cairan Coelomic Cacing Tanah (Lumbricus rubellus) Terhadap RUNX3 Sebagai Target Terapi Aml Leukimia. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.

Abstract

Acute Myeloid Leukimia di dunia adalah jenis leukemia paling umum kedua yang didiagnosis pada orang dewasa dan anak-anak. AML merupakan 31% dari semua kasus leukemia dewasa. Faktor transkripsi protein RUNX3 diekspresikan tinggi pada sel-sel hematopoietic. Pada leukemia, terdapat downregulasi ekspresi RUNX3 pada t(8;21) atau inv (16) translokasi kromosom leukemia myeloid akut (AML). Cairan coelomic dalam Lumbricus rubellus memiliki peran penting berkaitan dengan mencegah pertumbuhan sel kanker. Protein bioaktif dari cairan coelomic yaitu alpha amylase, earthworm fibrinolytic enzyme, lysenin, lumbricin dan lumbrokinase dipilih untuk diteliti. Penelitian ini merupakan studi eksperimental in silico melalui metode protein docking menggunakan program PatchDock, FireDock, serta PyMOL dan LigPlot untuk visualisasi molekul, dengan mendapat struktur molekul dari PDB. Earthworm Fibrinolytic Enzyme dan Lumbrokinase dapat berkompetisi menduduki JAG1 pada kompleks ikatan pada RUNX3 dengan ikatan asam amino yang spesifik pada sisi pengikatan yang sama dengan ligan kontrol RUNX3 disertai nilai afinitas ikatan yang lebih stabil yaitu 32,08 kkal/mol dan -29,49 kkal/mol, sehingga memiliki potensi menghambat ikatan RUNX3 dengan JAG1 dalam transduksi sinyal proliferasi dalam tumorigenesis. Alpha Amylase menunjukan adanya ikatan binding affinity 16,28 kkal/mol yang melebihi ikatan ligan namun tidak mempunyai titik asam amino yang sama dengan ikatan ligan. Tidak ditemukan ikatan yang bermakna pada kompleks RUNX3 baik dengan lumbricin maupun lysenin dengan binding affinity 0,69 dan 0,00 kkal/mol. Oleh karena itu, beberapa protein bioaktif dari cairan coelomic berpotensi menjadi target terapi secara protein spesifik terhadap faktor transkripsi RUNX3 dari AML Leukimia.

English Abstract

Acute Myeloid Leukemia is the second most common type of leukemia diagnosed in adults and children. AML accounts for 31% of all adult leukemia cases. Transcription factor protein RUNX3 is highly expressed in hematopoietic cells. In leukemia, there is a downregulation of RUNX3 expression in t(8;21) or inv (16) chromosomes of acute myeloid leukemia (AML). The coelomic fluid in Lumbricus rubellus has an important role related to preventing the growth of cancer cells. The bioactive proteins from the coelomic fluid are alpha amylase, earthworm fibrinolytic enzyme, lysenin, lumbricin and lumbrokinase are chosen. Using in silico using protein docking method via PatchDock, FireDock, and PyMOL and LigPlot programs for molecular visualization, by obtaining the molecular structure of PDB. Earthworm Fibrinolytic Enzyme and Lumbrokinase can compete for JAG1 in the binding complex on RUNX3 with specific amino acid binding on the same binding site as the control ligand RUNX3 with more stable binding affinity values, 32.08 kcal/mol and -29.49 kcal /mol, thus having the potential to inhibit the binding of RUNX3 to JAG1 in the transduction of proliferative signals in tumorigenesis. Alpha Amylase showed a binding affinity of 16.28 kcal/mol which exceeded the ligand bond but did not have the same amino acid target as the ligand bond. No significant binding was found in the RUNX3 complex with either lumbricin or lysenin with binding affinities of 0.69 and 0.00 kcal/mol. Therefore, several bioactive proteins from coelomic fluid have the potential to be therapeutic targets specifically for the RUNX3 transcription factor of AML.

Item Type:	Thesis (Sarjana)
Identification Number:	0522060010
Uncontrolled Keywords:	in silico, AML Leukimia, RUNX3, lumbricus rubellus, protein docking
Subjects:	600 Technology (Applied sciences) > 610 Medicine and health
Divisions:	Fakultas Kedokteran > Pendidikan Dokter
Depositing User:	Budi Wahyono Wahyono
Date Deposited:	08 Feb 2022 04:26
Last Modified:	24 Feb 2022 03:40
URI:	http://repository.ub.ac.id/id/eprint/189544

Text (DALAM MASA EMBARGO) Alyssa Amiraputri Widijanto.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2024. Download (11MB)

Actions (login required)

View Item