Kurniasari, Coni Anggie (2020) Prediksi Epitope Protein Pla2 Bisa Ular Weling (Bungarus Candidus) Secara In Silico. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya.
Abstract
Ular weling (Bungarus candidus) termasuk dalam kategori I ular berstatus penting secara medis karena berbisa tinggi dan sering ditemui manusia, namun di Indonesia tidak terdapat antivenom yang dibuat untuk menetralisir bisanya. Diketahui bahwa PLA2 merupakan toksin multifungsional karena memiliki bermacam-macam efek patologis. Salah satu alternatif yang dapat dilakukan adalah dengan membuat vaksin berbasis epitope. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah mengidentifikasi daerah epitope protein PLA2 pada bisa ular weling (Bungarus candidus), dan mengevaluasi kemungkinan imunogenisitas epitope PLA2 dalam menginduksi respon imun secara in silico. Sekuens protein PLA2 dari NCBI diestimasi parameter fisika-kimianya menggunakan ProtParam, kemudian epitope sel T protein diprediksi melalui tool pada IEDB. Hasil prediksi selanjutnya dilakukan analisis konservansi, imunogenisitas, dan cakupan populasi sehingga didapatkan 3 kandidat epitope. Ketiga epitope diinteraksikan (docking) dengan empat molekul MHC (PDB ID: 6EI2, 3LKO, 1DLH, 6DIG). Hasil prediksi dan beberapa analisis yang telah dilakukan menghasilkan tiga kandidat epitope yaitu “FAKAPYNEE”, “LSFYRYTEM”, dan “RTAALCFAK”. Hasil simulasi docking menunjukkan bahwa epitope berinteraksi pada bagian binding groove MHC dengan energi ikatan yang relatif rendah (epitope “FAKAPYNEE” dengan 3LKO, -151.37 kcal/mol; “LSFYRYTEM” dengan 6DIG, -188.06 kcal/mol; dan “RTAALCFAK” dengan 3LKO, -104.5 kcal/mol), artinya ketiga epitope memiliki potensi dalam menginduksi respon imun
English Abstract
Malayan krait (Bungarus candidus) is one of medically important venomous snake species category I, considering the high venomous and the occurence chance. Indonesia has no antivenom to neutralize Bungarus candidus venom. PLA2 is a multifunctional toxin which has several pathological effects. One alternative way to solve this problem is by generating epitope-based vaccine. This research aims to identify the epitope region of Bungarus candidus PLA2 and evaluate the PLA2 epitope potency of inducing imune response. PLA2 amino acid sequence retrieved from NCBI analyzed by ProtParam to estimate the protein secondary structure physico-chemical parameter, then the T cell epitope are predicted using IEDB tool. The prediction result then undergo several analysis such as conservancy, immunogenicity, and population coverage. The docking simulation is conducted between three epitope result and four MHC molecules (PDB ID: 6EI2, 3LKO, 1DLH, 6DIG). The prediction and several analysis has discovered the three epitope candidates: “FAKAPYNEE”, “LSFYRYTEM”, “RTAALCFAK”. The docking simulation result showed that the epitopes are forming complex with MHC molecules inside the binding grooves, the binding energies are relatively low (epitope “FAKAPYNEE” with 3LKO, -151.37 kcal/mol; “LSFYRYTEM” with 6DIG, -188.06 kcal/mol; and “RTAALCFAK” with 3LKO, -104.5 kcal/mol), thus it indicate that three epitopes are potent to induce the immune response.
Other obstract
-
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Identification Number: | 0520090150 |
| Uncontrolled Keywords: | Bungarus candidus, docking, epitope, PLA2 |
| Subjects: | 500 Natural sciences and mathematics > 597 Cold-blooded vertebrates > 597.9 Reptilia (Reptiles) > 597.96 Serpentes (snakes) |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi |
| Depositing User: | ismanto |
| Date Deposited: | 12 Feb 2021 05:14 |
| Last Modified: | 21 Jul 2022 02:08 |
| URI: | http://repository.ub.ac.id/id/eprint/182807 |
![[thumbnail of DALAM MASA EMBARGO]](http://repository.ub.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (DALAM MASA EMBARGO)
0520090150 - Coni Anggie.pdf Restricted to Registered users only until 31 December 2023. Download (4MB) |
Actions (login required)
 |
View Item |